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吉林大学第二医院眼科中心手术室成立于2004年11月，现位于吉林大学第二医院眼科中心3号楼四楼、五楼，承担着眼底病科、白内障科、青光眼科、眼表与眼整形美容科、眼眶病与眼整形科、斜视与小儿眼病科及皮肤美容科的日常手术及急诊手术，年手术量约18000例。
科内现有护士35人，其中副主任护师1人，主管护师2人，硕士研究生2人，本科31人，专科2人。
科室配备了国内最先进的眼科手术设备，其中包括美国Alcon公司的玻切机6台、超乳机4台，眼内激光机6台，冷冻仪7台，鼻内窥镜手术系统2台，泪道内窥镜手术系统1台。
手术室拥有先进的层流空气净化设备，手术间配有摄像系统，可进行手术示范和教学，微电脑集中控制系统可对手术间内的温度、湿度、灯光等进行集中管理，保证患者在舒适、安全的环境中顺利完成手术。手术室还设有独立的消毒供应区，配备先进的清洗和灭菌设备，设有专人按照国家规范对手术器械进行超声清洗、烘干、打包、灭菌等一系列处理，可有效的避免院内感染的发生。