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吉林大学第二医院眼科中心始创于1936年，其渊源可追溯至伪满新京特别市立医院眼科，后随学校几易其名，历经中国人民解放军第一军医大学附属二院眼科、吉林医科大学附属二院眼科、白求恩医科大学第二临床学院眼科等发展阶段，经过张文山、董世范、朱文荣、黄秀贞、张美玉、刘克非、王维兴、张晓光、吴雅臻等几代人的奋斗，为科室的发展壮大奠定了坚实的基础，也树立了良好的学术氛围。2004年11月在原有眼科基础上成立了眼科医院，2016年更名为眼科中心，现已成为集医疗、教学、科研、预防及保健为一体的区域领先、国内先进的现代化大型眼科中心。1998年成为吉林省首个眼科学博士学位授权点，目前是国家临床重点专科项目建设单位、国家眼耳鼻喉科疾病临床医学研究中心吉林省分中心、吉林省重点学科、吉林省临床重点专科、吉林大学重点学科，为吉林省眼科继续医学教育基地、吉林省眼科重点实验室、吉林省眼科质量控制中心、吉林省眼病防治中心、吉林大学眼科中心所在地。
全院现有各类专业人员220余人，其中教授(主任医师)32人，副教授(副主任医师)19人，博士生导师11人、硕士生导师37人。医疗系列88人中90%获得博士学位;中级职称以上人员均先后在北京、上海、广州等国内知名眼科中心进行技术交流或研修，并经常派出参加国际学术会议，中青年骨干多数具有美国、英国、日本、德国、瑞典、瑞士、新加坡、香港等国家和地区留学和交流经历，这其中不乏哈佛大学、牛津大学、东京大学、京都大学、秋田大学、卡罗林斯卡医学院等国际名校，多人在国外获博士学位后回国工作，为眼科临床和科研工作不断注入新鲜血液，优秀的学术梯队已经成为学科持续发展和进步的源泉。
眼科中心成立以来，获国家自然科学基金资助近30项，参与国家“211”工程建设项目子课题1项，承担100余项省部级科研基金资助并获得奖励，共发表核心期刊论文500余篇，其中200余篇被SCI检索收录，多篇论文摘要被美国眼科与视觉科学年会(ARVO)和国际眼科研究大会(ISER)收录。同时积极开展了与英国牛津大学、德国明斯特大学、瑞士巴塞尔大学、俄罗斯莫斯科大学、加拿大曼尼托巴大学等国际知名院校的合作研究，在国内外提升了科研团队的知名度。出色地完成了吉林大学临床医学七年制、五年制眼科学及留学生全英教学任务。1995年至今，已连续举办了16届新技术新疗法学术研讨会，曾邀请全国知名专家黎晓新、赵堪兴、葛坚、姚克、王宁利、杨培增、范先群、刘祖国、王文吉、崔浩、马志中、吴德正、孙旭光、肖利华、王光璐、文峰等来院讲学，或进行手术表演，对于新技术、新疗法的开展和在省内外的推广应用起到了巨大的推动作用。2000年以来，每年均承办吉林省眼科学术年会和国家级眼底病继续教育学习班。
学科带头人为博士生导师苏冠方教授，目前任吉林大学第二医院眼科中心主任。主要学术及社会兼职有：中华医学会眼科学分会常务委员、眼底病学组委员、中国医师协会眼科医师分会常务委员、全国防盲技术指导组委员、吉林省医学会眼科学分会主任委员、吉林省医师协会理事会常务理事、吉林省眼科质量控制中心主任、吉林省防盲技术指导组组长、国家自然科学基金同行评议专家、吉林省社会医疗保险协会常务理事、吉林省突发公共卫生事业专家咨询委员会委员、吉林省医疗事故技术鉴定专家、长春市医疗事故技术鉴定专家等，同时担任《中华眼科杂志》《中华眼底病杂志》《中国实用眼科杂志》《眼科新进展》《世界核心医学期刊文摘·眼科学》《吉林大学学报(医学版)》《吉林医学》等多种专业杂志编委。曾于英国皇家肿瘤研究基金会(ICRF, London)作为中方课题负责人开展合作研究，于美国CCF遗传学中心(Cleveland, Ohio)作为博士后及人类基因组计划研究成员开展相关工作，有多项研究成果在国际知名刊物上发表。先后承担国家自然科学基金项目4项，获得吉林省科技进步二等奖1项、三等奖3项，吉林省卫生厅科研成果二等奖1项，吉林省自然科学学术成果二等奖1项，长春市科技进步二等奖2项，吉林大学医疗成果奖9项。在眼科临床工作中，是著名眼底病专家，德医双馨，荣获“中国医师奖”、“吉林省高级专家”、“吉林大学十大白求恩名医”、“长春市有突出贡献专家”、“长春市百名优秀科技工作者”等殊荣。
眼科中心实行依据疾病专业分科，多学科全面发展。现有眼底病科、白内障科、青光眼科、眼眶病与眼整形科、斜视与小儿眼病科、眼表疾病与眼整形美容科、眼内科、视光学科及角膜屈光科等九个专科，各专业发展水平与国内先进行列接轨，部分专业处于国内领先水平。拥有20余间专科诊室，12间现代化专业独立手术室，开放病床314张;具备国内外一流的先进仪器设备，如大型蔡司手术显微镜、玻璃体切割机、白内障超声乳化、光学相干断层扫描仪、罗兰电生理诊断仪、全自动视野计、海德堡眼底荧光血管造影仪、眼底激光治疗机、全飞秒近视治疗仪、准分子激光治疗仪、综合验光仪等，开展了几乎涵盖眼科全部的高水平、现代化的手术和诊疗技术，在省内外眼科学界享有很高的声誉。据不完全统计，2021全年门诊量30余万人次，出入院人数2万余人次，住院手术量2万余例，门急诊手术量1万余例，统计表明近年来以上各项医疗指标一直以20%左右的速度逐年递增。
作为东北地区规模最大、专业最齐全、专业技术人员最多、整体学术水平最高、仪器设备最先进、床位数量最多的现代化眼科医院，吉林大学第二医院眼科中心用技术和实力彰显了区域眼科中心的优势地位。同时，以其责任心和使命感，以高超的医术，发挥着大型公立医院“以病人为中心”医疗服务的主渠道作用，赢得了业内的认可和患者的信赖，为东北地区的眼病患者提供优质的眼科医疗服务，造福一方;同时，将继续引领本地区眼科学的发展方向。